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Le microbiote intestinal

L’ensemble des micro-organismes qui colonisent le tractus gastro-intestinal est appelé « microbiote intestinal » ou « flore intestinale ».

Le microbiote intestinal humain se compose de 10 000 à 100 000 milliards de micro-organismes symbiotiques (pour la plupart des bactéries, mais aussi des archées, des virus et des champignons), le tout pour une biomasse d’environ 1 à 2 kg. En d’autres termes, le nombre de micro-organismes présents dans le tube digestif est une à dix fois supérieur au nombre total de cellules du corps humain.

La relation entre l’être humain et son microbiote intestinal est appelée « symbiose ». Une symbiose entre deux organismes signifie qu’ils ont besoin l’un de l’autre pour survivre. Les bactéries présentes dans l’organisme humain ont trouvé un écosystème propice à leur développement. En échange, ces bactéries remplissent des fonctions clés pour l’organisme.

Le terme « microbiome » est souvent utilisé, à tort, pour parler du « microbiote ». Le « microbiome » est en fait l’ensemble du matériel génétique de tous les micro-organismes présents dans un environnement spécifique (comme l’intestin). Par exemple, le génome humain se compose d’environ 23 000 gènes, alors que le microbiome intestinal en compte environ 10 millions.

Comme une empreinte digitale, le microbiote intestinal est unique à chaque individu et se forme dès le plus jeune âge. La diversité du microbiote augmente entre la naissance et l’âge de 3 à 5 ans lorsque la composition et la diversité du microbiote intestinal atteignent leur stade adulte et leur état stable.

Les bactéries sont classées taxonomiquement selon différents groupes. Du plus large au plus spécifique, il s’agit des : embranchements (phyla), classes, ordres, familles, genres, espèces et souches. Seuls quelques embranchements sont représentés dans le microbiote intestinal, qui compte plus de 160 espèces. Les embranchements bactériens intestinaux dominants sont les Firmicutes, les Bacteroidetes, les Actinobactéries, les Proteobactéries, les Fusobactéries et les Verrucomicrobia, les deux premiers représentant 90 % du microbiote intestinal.

Domaine : Animalia
Embranchement : Chordata
Classe : Mammalia
Ordre : Primates
Famille : Hominidae
Genre : Homo
Espèce : Homo sapiens
Souche : Homo sapiens sapiens (vous)
Domaine : Bactéries
Embranchement : Verrucomicrobia
Classe : Verrucomicrobiae
Ordre : Verrucomicrobiales
Famille : Akkermansiaceae
Genre : Akkermansia
Espèce : Akkermansia muciniphila
Souche : Akkermansia muciniphila MucT

La composition du microbiote intestinal est influencée par de nombreux facteurs, dont certains peuvent être modifiés :

  • Régime et habitudes alimentaires (consommation de crudités, consommation d’alcool, consommation d’aliments frits, jeûne intermittent…)
  • Prise de poids
  • Consommation de médicaments (antibiotiques, antiacides, antidiabétiques, laxatifs, antidépresseurs…) et chirurgie (résection du côlon, chirurgie bariatrique…)
  • Allaitement ou alimentation à base de lait maternisé et introduction d’aliments solides
  • Environnement (zones rurales ou urbaines)
  • Mode de vie (activité physique, sédentarité, stress, décalage horaire)

La composition du microbiote intestinal est également influencée par d’autres facteurs intrinsèques qui ne peuvent pas être modifiés :

  • Ethnicité
  • Patrimoine génétique
  • Certaines maladies
  • Anatomie du tube intestinal (par exemple, le gros intestin présente une plus grande diversité bactérienne que l’intestin grêle)
  • Âge gestationnel (naissance prématurée ou naissance à terme)
  • Mode d’accouchement (accouchement par voie basse ou par césarienne)
  • Âge et vieillissement
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Il existe une composante héréditaire et génétique de notre microbiote intestinal. Néanmoins, les facteurs environnementaux liés à l’alimentation, aux médicaments et aux facteurs anthropométriques tels que le poids, ont une plus grande influence sur sa composition.

Plus important encore, les effets bénéfiques du microbiote intestinal dépendent fortement de sa composition, qui change radicalement chez les personnes atteintes de certains troubles et de maladies.

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Gut microbiota — at the intersection of everything? Patrice D. Cani, Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2017

L’être humain a une longue histoire d’interactions symbiotiques avec les bactéries. Notre microbiote a évolué avec nous pendant des milliers d’années, pour former une relation complexe et mutuellement bénéfique. Le microbiote intestinal remplit des fonctions que nos cellules humaines ne sont pas en mesure d’assurer.